运行期故障是电磁流量传感器经调试并正常运行一段时期后出现的故障，常见的运行期故障一般由流量传感器内壁附着层、雷电打击以及环境条件变化等因素引起。
传感器内壁附着层
    由于电磁流量传感器常用来测量脏污流体，运行一段时间后，常会在传感器内壁积聚附着层而产生故障。这些故障往往是由于附着层的电导率太大或太小造成的。若附着物为绝缘层，则电极回路将出现断路，仪表不能正常工作；若附着层电导率显著高于流体电导率，则电极回路将出现短路，流量传感器也不能正常工作。所以，应及时清除电磁流量传感器测量管内的附着结垢层。
雷电打击
    雷击容易在流量传感器线路中感应出高电压和浪涌电流，使传感器损坏。它主要通过电源线或励磁线圈或传感器与转换器之间的流量信号线等途径引入，尤其是从控制室电源线引入占绝大部分。
环境条件变化
    在调试期间由于环境条件尚好，流量传感器工作正常，此时往往容易疏忽安装条件。在这种情况下，一旦环境条件变化，运行期间出现新的干扰源,比如在流量传感器附近管道上进行电焊或者附近安装上大型变压器等，就会干扰仪表的正常工作，流量传感器的输出输出信号就会出现波动。